肽组学分析软件/Peptidomics

项目负责人:徐巨才  博士

近年来基因组和蛋白质组学的迅猛发展,带动了其他各类组学研究(如肽组学、脂质组学、糖组学等)的发展。肽组学研究作为蛋白质组学的一个重要分支,在生物、医药、食品等各类领域中具有重要作用。尤其对于样品中的各类特征性肽段、功能性肽段分析,对于科学研究具有重要意义。

目前,肽组学分析研究大多直接借用蛋白质组学的分析方法,例如Maxquant、Mascot、Sequest、SearchGui、Peaks等(上述大部分软件均可在本站搜索查找搜索资源链接和使用方法,部分正在上传和完善!)。然而,由于蛋白质组学与肽组学分析研究关注的重点存在差异。蛋白质组学更多关注于样品的全蛋白组成,因此在样品前处理过程中,大多采用序列级胰蛋白酶对蛋白进行酶促降解,以产生特性强、长度分布均匀(8-25)、非极性差异较大的水解肽段,为样品分离和鉴定创造有利条件。但是,肽组学分析研究对象大多直接来自生产实际,样品中肽段的组成无法或不应该人为去改变。因此,肽组学分析样品常存在分离和鉴定困难的问题,其中,鉴定问题大多体现在短肽部分,长肽部分大多可通过上述软件实现鉴定。而对于短肽,Maxquant所使用的搜库引擎算法耗时极长,谱博成员经历过多次耗时超过一个月以上都没有搜出结果的情况,并且该方法对硬盘空间占用较为厉害(动辄几百G);Mascot因打分方法问题,对短肽基本略过;Sequest的开源引擎名为comet,在SearchGUI中有集成,但此法搜索结果较少,对于2-4肽较少关注;Peaks等从头测序则存在解谱率不足等问题,常需手动提供Tag方能提高解谱率,但这种情况下会降低效率。

为此,我们针对食品、生物中的肽组学样品分析需求,成了本开源项目,准备构建一个全新的多肽解谱引擎及配套分析工具,具体将包含一个混合型搜索引擎和一套完整的用户图形操作界面。

目前,项目正在测试短肽分析引擎,已初步具备短肽解谱能力,有迫切需求的小伙伴可以私信项目负责人获取体验,正式版将待整个多肽分析引擎和可视化界面开发完成后方可发布,敬请期待!

 

  • 肽组学分析软件/Peptidomics已关闭评论
  • 135 views
    A+